Establishment of qPCR primers for diagnostics in the intervertebral disc model
- Titel
- Establishment of qPCR primers for diagnostics in the intervertebral disc model
- Autor/in
- Datierung
- 13.06.2024
- Beschreibung
- Diese Bachelorarbeit ist Teil eines größeren Forschungsprojekts, das sich mit regenerativen
Behandlungsmöglichkeiten für Bandscheibendegeneration beschäftigt. Der Beitrag dieser Arbeit liegt
in der Etablierung von qPCR-Primern, die zur Identifikation von fünf bestimmten Genen der
Zellpopulation des Nucleus Pulposus dienen. Mit diesen Primern kann man in der Zukunft die qPCRTestmethode
für die weitere Forschung im Gebiet der Bandscheibenforschung einsetzen.
In einem ersten Schritt wurden Primerpaare für alle fünf Gene ausgewählt, und zwar nach Kriterien,
welche den Industriestandard reflektieren. Drei dieser Primer wurden der Literatur entnommen, da
sie in anderen Forschungsprojekten bereits erfolgreich eingesetzt worden waren. Die beiden anderen
wurden neu entworfen.
Um diese Primer zu testen, wurde jeder Primer zwei qPCR-Tests unterzogen. Mit dem ersten sollte
herausgefunden werden, ob die ausgewählten Primer überhaupt funktionieren. Der zweite bestand
darin, eine Verdünnungsreihe einem qPCR Test zu unterziehen, um die Effizienzen der Primer zu
bestimmen.
Die Primer für die Gene LUM und MMP2 funktionierten gut und erfüllten die Effizienzanforderungen.
Sie können für weitere Forschungszwecke eingesetzt werden.
Die Primer für die Gene ASPN, COL1A2 und PCOLCE funktionierten, erfüllten aber nicht die
Effizienzanforderungen. Es ist jedoch wahrscheinlich, dass diese Effizienzwerte mit etwas Anpassung
noch verbessert werden können.
This Bachelor-Thesis is part of a larger research project concerning itself with regenerative treatment options
for intervertebral disc degeneration. The contribution of this thesis lies in establishing qPCR primers for five
genes of the cell population of the nucleus pulposus, so that qPCR can be used in further research in the
future.
In a first step, primer pairs were selected for all five genes according to the industry standard criteria. Three
of these primers were taken from the literature, as they had been used successfully in other research projects.
The other two were newly designed.
To test these five primers, each primer was subjected to two qPCR assays. The first one was to ascertain
whether the selected primers worked at all. The second one consisted of a dilution series, aiming to determine
the efficiencies of the primers.
The primers for the genes LUM and MMP2 worked well, meeting the requirements for their efficiency. They
are ready for use in further research.
The primers for the genes ASPN, COL1A2 and PCOLCE worked, but did not meet the requirements for their
efficiency. However, it is probable that, with a little adjustment of the annealing temperatures, these
efficiencies could be improved.
- Diese Bachelorarbeit ist Teil eines größeren Forschungsprojekts, das sich mit regenerativen
- Urheberrechtshinweis
- Fenner David Liam, Hochschule Luzern - Departement Technik & Architektur
HSLU
- Departement
- Studiengang
- Art der Arbeit
- Betreuer/Betreuerin
Werk
- Titel
- Establishment of qPCR primers for diagnostics in the intervertebral disc model
- Beschreibung
- Diese Bachelorarbeit ist Teil eines größeren Forschungsprojekts, das sich mit regenerativen
Behandlungsmöglichkeiten für Bandscheibendegeneration beschäftigt. Der Beitrag dieser Arbeit liegt
in der Etablierung von qPCR-Primern, die zur Identifikation von fünf bestimmten Genen der
Zellpopulation des Nucleus Pulposus dienen. Mit diesen Primern kann man in der Zukunft die qPCRTestmethode
für die weitere Forschung im Gebiet der Bandscheibenforschung einsetzen.
In einem ersten Schritt wurden Primerpaare für alle fünf Gene ausgewählt, und zwar nach Kriterien,
welche den Industriestandard reflektieren. Drei dieser Primer wurden der Literatur entnommen, da
sie in anderen Forschungsprojekten bereits erfolgreich eingesetzt worden waren. Die beiden anderen
wurden neu entworfen.
Um diese Primer zu testen, wurde jeder Primer zwei qPCR-Tests unterzogen. Mit dem ersten sollte
herausgefunden werden, ob die ausgewählten Primer überhaupt funktionieren. Der zweite bestand
darin, eine Verdünnungsreihe einem qPCR Test zu unterziehen, um die Effizienzen der Primer zu
bestimmen.
Die Primer für die Gene LUM und MMP2 funktionierten gut und erfüllten die Effizienzanforderungen.
Sie können für weitere Forschungszwecke eingesetzt werden.
Die Primer für die Gene ASPN, COL1A2 und PCOLCE funktionierten, erfüllten aber nicht die
Effizienzanforderungen. Es ist jedoch wahrscheinlich, dass diese Effizienzwerte mit etwas Anpassung
noch verbessert werden können.
This Bachelor-Thesis is part of a larger research project concerning itself with regenerative treatment options
for intervertebral disc degeneration. The contribution of this thesis lies in establishing qPCR primers for five
genes of the cell population of the nucleus pulposus, so that qPCR can be used in further research in the
future.
In a first step, primer pairs were selected for all five genes according to the industry standard criteria. Three
of these primers were taken from the literature, as they had been used successfully in other research projects.
The other two were newly designed.
To test these five primers, each primer was subjected to two qPCR assays. The first one was to ascertain
whether the selected primers worked at all. The second one consisted of a dilution series, aiming to determine
the efficiencies of the primers.
The primers for the genes LUM and MMP2 worked well, meeting the requirements for their efficiency. They
are ready for use in further research.
The primers for the genes ASPN, COL1A2 and PCOLCE worked, but did not meet the requirements for their
efficiency. However, it is probable that, with a little adjustment of the annealing temperatures, these
efficiencies could be improved.
- Diese Bachelorarbeit ist Teil eines größeren Forschungsprojekts, das sich mit regenerativen
- Autor/in
- Externe Praxispartner
- Institut für Medizintechnik HSLU, Hergiswil
- Datierung
- 13.06.2024
- Format
- 41 Seiten
- Ort
- Sprache
Rechte
- Urheberrecht
- Fenner David Liam, Hochschule Luzern - Departement Technik & Architektur
- Hinweis zu Rechtsgrundlagen
- Lizenzierung
- Klassifikation